微生物肥料又称接种剂，生物肥料、菌肥等，是指含有特定微生物活体的制品，应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长，提高产量，改善农产品品质及农业生态环境。它具有制造和协助作物吸收营养、增进土壤肥力、增强植物抗病和抗干旱能力、降低和减轻植物病虫害、产生多种生理活性物质刺激和调控作物生长、减少化肥使用、促进农作物废弃物、城市垃圾的腐熟和开发利用、土壤环境的净化和修复作用、保护环境，以及提高农作物产品品质和食品安全等多方面的功效，在可持续农业战略发展及在农牧业中的地位日趋重要。使用微生物菌剂需要注意5个事项
注意1：
氮、磷、钾总含量超过7%时与菌混合，会抑制菌的活性。菌与化肥混合时，一定要注意肥料中的氮、磷、钾总养分不要超过7%，一旦超过会抑制菌的活性，如果氮、磷、钾总养分大于7%，建议随用随混。目前，有些厂家的复合微生物菌肥中的氮、磷、钾总养分达到10%以上，有的甚至达到25%以上，这对于一般的菌种来说，都会造成菌活性降低甚至造成部分死亡。但如果厂家选用的是耐化肥的菌种，就可以保证菌肥肥效。
注意2：
不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰混合用。因为这些药、肥，很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混肥。
注意3：
对于已多年施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减少化肥和有机肥的施用量，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代化肥不能一下子适应。因此，其取代量应做到第一、第二、第三年分别取代30%、40%和60%，磷、钾肥只能补足，不能减少。
注意4：在施用方法上，建议采用沟施、窝施的方式，一定要将菌肥盖在土壤里，避免阳光直射，紫外线会杀死细菌；如果是单一的微生物菌肥，建议将菌肥埋在作物根系附近，以增加肥效；此外，不建议冲施微生物菌肥，因为加水稀释后菌群会被冲散，影响施用后的效果。
注意5：高温过高、过低、干旱条件下的农作物田块不建议施用微生物菌肥。
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