复合肥其实本质上就是盐类，你撒一把复合肥在地上，过几天地上就会泛碱，而生物有机肥其实就是有机肥、有机物经过充分的发酵、转化变成的肥料，和农家肥只是发酵的程度不同而已，如果把二者混合存放，其实复合肥因为过高的盐分和返潮，会对生物有机肥里的有益微生物起到不好的效果，比如我们平时腌咸菜，就是用的大量盐抑制微生物的繁殖，所以大量复合肥和生物有机肥混合在一起，一旦返潮，就相当于把生物有机肥泡盐堆里了。
不过目前肥料的成分也是非常复杂的，从早期单纯的元素性肥料，到后来的多元复合肥，再到生物有机肥，最后到复合生物有机肥这一路的变化，也说明了大家对肥料的认识在改变。有机肥的好处就是成分全面、复杂，肥效持久，因此一般用作底肥，撒在土壤里不仅可以提供肥力，还能提供有益微生物和植物互利共生，保持土壤的健康状态，但是问题是在植物对某一元素需求量大的时候，有机肥显得不够充足，于是在植物对某一养分需要过分的时候，可以用复合肥追肥，肥效短、见效快可以起到短期增产增收的效果，并且有机肥难溶于水，使用需要埋入土里，而复合肥撒土壤表面随着雨水即可下渗，所以这二者使用在实际操作过程中也是有一定的差异的。
所以在使用的时候，我觉得一定比例的复合肥和有机肥是可以掺杂在一起撒入土地的，但是长时间保存不建议混合。最好的还是翻地时加入有机肥，追肥时用复合肥，个人觉得效果最好。