微生物菌肥的功效是一种综合作用，主要是与营养元素的来源和有效性有关，或与作物吸收营养、水分和抗病(虫)有关。

总体来说，生物肥料(微生物肥料)的作用为以下几点:

1、增进土壤肥力施用固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素来源;解磷、解钾微生物肥料，可以将土壤中难溶的磷、钾分解出来，转变为作物能吸收利用的磷、钾化合物，改善作物的营养条件。

2、制造和协助农作物吸收营养根瘤菌侵染豆科植物根部，固定空气中的氮素。微生物在繁殖中能产生大量的植物生长激素，刺激和调节作物生长，使植株生长健壮，促进对营养元素的吸收。

3、增强植物抗病和抗旱能力微生物肥料由于在作物根部大量生长繁殖，抑制或减少了病原微生物的繁殖机会;抗病原微生物的作用，减轻作物的病害;微生物大量生长，菌丝能增加对水分的吸收，使作物抗旱能力提高。

4、减少化肥的使用量和提高作物品质使用微生物肥料后对于提高农产品品质，如蛋白质、糖分、维生素等的含量上有一定作用，有的可以减少硝酸盐的积累。在有些情况下，品质的改善比产量提高好处更大。

发展生物肥料的重要意义

1 改善作物品质、提高作物产量

徽生物肥料可将无机元素转化为有益植物生长的有机化合物，改善土壤氧化还原条件，减低氮素脱氧和氧化过程，从而降低硝酸盐含量。多项试验表明，施用生物菌肥，蔬菜硝酸盐含量减少25.44~4.3mg/L，平均降低19.09%;vc含量平均提高9.96mg/l009;糖分含量平均提高0.66mg/l崛。施生物菌肥的稻米蛋白质比对照组提高0.05%~0.65%。植物根际促生细菌(PGPR)是徽生物肥料的生命力所在，其促进植物生长的机制是产生生长素、抑制病原菌、根际固氮和分解难溶性磷钾元素等。

根据有关研究结果，在豆科作物上施用根瘤菌制剂，不仅可提高收获物中蛋白质的含量，而且还使大豆和花生平均增产10~20%;紫云英和苕子平均增产40%以上，在新开垦地中甚至可增产1~2倍;豌豆增产15%;蚕豆增产17%;柽麻增产13~30%。但施用不当，则可能增产效果很小或甚至无效果。使用其它类型的生物肥料，亦可使作物增产10%左右，且其品质也较单施化肥有一定改善。又据中国农业大学、吉林省农业科学院等单位的有关研究，如果施用方法得当，施用生物复合肥肥力高(用量7.5~15kg/ hm2)亦可使水稻增产5~15%，小麦增产3.1~10.0%，棉花增产7.8~30.2%，甘蔗增产约14%，油菜增产2.6~17.5%，蔬菜作物增产10%以上。而且，同时还节省了10~30%的化学氮肥，并同时使作物品质得到改善。